Au sein de l'université, deux conseils centraux sont des espaces privilégiés de débats autour des choix politiques et des principales décisions de gestion. Ils réunissent des enseignants, des étudiants, des personnels administratifs (BIATSS) et des personnalités extérieures. C'est dans ces espaces que se manifestent la tradition démocratique de l'université qui allie débats serrés et nombreux et décision collective. C'est aussi dans ces conseils que l'équipe de direction de l'université peut présenter sa politique.
Le conseil d'administration (CA)
Le conseil d’administration de l’université est composé de 32 membres et détermine la politique de l’établissement.
La commission de la formation et de la vie universitaire (CFVU)
La commission de la formation et de la vie universitaire est consultée sur la politique pédagogique, les questions relatives aux formations et les conditions de vie et d'études des étudiants. Elle est actuellement composée de 40 membres.
La commission de la recherche est consultée sur les orientations des politiques de recherche et sur la répartition des crédits de recherche. Elle est composée de 41 membres.
Sur des thématiques et des secteurs d'activité particuliers, d'autres conseils, commissions et comités préparent les décisions pour les trois conseils ou débattent sur les conditions de travail.